Макс Ферстаппен выиграл квалификацию Гран-при Малайзии, опередив Льюиса Хэмилтона на 0,298 секунды. Mercedes провела худшую квалификацию сезона, а стартовавший третьим Исак Хаджар потеряет пять мест из-за штрафа.
Ферстаппен возглавил каждый из трёх сегментов квалификации на Сепанге и завершил решающую попытку с результатом 1:35,130. Поул стал для него первым со времени финального этапа сезона-2025 в Абу-Даби и первой в сезоне-2026 поул-позицией для машины не с силовой установкой Mercedes. Льюис Хэмилтон на Ferrari уступил 0,298 секунды и занял второе место. Для него это первое попадание в первый ряд квалификации после Гран-при Барселоны, который он выиграл.
Исак Хаджар обеспечил Red Bull две машины в первой тройке, продолжив сильное выступление команды после этапа в Баку. Однако третья позиция в протоколе не станет его стартовым местом: пилот получил штраф в пять позиций за использование седьмого двигателя внутреннего сгорания за сезон.
Кими Антонелли квалифицировался четвёртым на обновлённом Mercedes, отстав от Ферстаппена на 0,501 секунды. На заключительном круге итальянец оказался не в оптимальном ритме: ранее штраф за нарушение границ трассы во втором сегменте отбросил его назад и лишил комплекта шин. Джордж Расселл занял восьмое место. Вместе это стало худшим результатом Mercedes в квалификации в нынешнем сезоне — предыдущим антирекордом были четвёртая и седьмая позиции в Будапеште. Между пилотами Mercedes расположились Шарль Леклер на пятом месте и пара McLaren: Ландо Норрис стал шестым, Оскар Пиастри — седьмым. Первую десятку замкнули Пьер Гасли и Габриэл Бортолето.
Арвид Линдблад, которому предстоял старт с последнего ряда из-за замены компонентов двигателя, пожертвовал собственной попыткой во втором сегменте, чтобы дать слипстрим напарнику по Racing Bulls Лиаму Лоусону. Помощь на прямой не позволила Лоусону пробиться в финальный сегмент: он стал 11-м и уступил проходному времени 0,209 секунды.
Фернандо Алонсо показал лучший результат Aston Martin в сезоне — 12-е место. Это было лишь его второе попадание во второй сегмент в году. Лэнс Стролл впервые в сезоне также прошёл туда: в первом сегменте он уступил Алонсо всего 0,008 секунды, но во втором проиграл напарнику три десятых и завершил квалификацию 14-м. Между пилотами Aston Martin расположился Карлос Сайнс на Williams. Франко Колапинто стал 15-м: он не показал времени во втором сегменте после штрафа в 15 мест — пяти за столкновение в Баку и десяти за новые компоненты двигателя.
Ошибки в предпоследнем повороте стоили выхода из первого сегмента Нико Хюлькенбергу и Алексу Албону: они заняли 17-е и 20-е места. Haas впервые со времени Гран-при Монако потеряла обе машины уже в первом сегменте; Оливер Берман стал 18-м, Эстебан Окон — 19-м. Окон первым пересёк линию финиша и по радио предположил, что команда выпустила его на трассу слишком рано.
Валттери Боттас опередил напарника по Cadillac Серхио Переса более чем на три десятых секунды. На Сепанге Боттас впервые за шесть попыток оказался быстрее своего напарника в квалификации.